吴东东，长期围绕灵长类复杂性状的进化遗传机制开展研究工作。  选择与人类关系最为密切的两个动物类群灵长类动物和家养动物为研究对象，利用进化生物学思想，多学科交叉，研究探讨动物复杂性状产生和进化的遗传机制，取得一系列突出的原创性发现。

他以通讯作者（包括共同通讯）身份在Science等影响因子大于10的SCI期刊上发表论文28篇。研究成果在国际分子进化学界引起广泛关注，被Science、CNN、《纽约时报》等多次报道或评述。  联合国内外多位著名科学家，牵头发起灵长类基因组计划。基于灵长类基因组计划第Ⅰ期的大批基础数据，和国内外合作者产出大量研究成果，发表10篇研究论文，包括6篇Science，2篇Science Advances，1篇Nat Ecol Evol，1篇PNAS，有效地推动了灵长类进化遗传研究领域的发展。  带领团队立足昆明动物博物馆近95万号馆藏动物标本资源，开展科研服务、战略保藏、科学传播、科普教育及创新文化建设，博物馆入选2021—2025年全国科普教育基地。

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